尖锐湿疣之所以容易复发，其实很多情况下是因为在首次患上尖锐湿疣之后，并没有进行彻底的根治。这种情况并不少见，有很多患者都是在症状消失之后就不再进行治疗和复查了，这样尖锐湿疣病毒就会留存在体内，伺机而动。
尖锐湿疣损害和或HPV未被彻底去除是造成尖锐湿疣复发的重要因素之一。有学者发现尖锐湿疣自发性消退或经治疗去除疣体后仍有45%的患者存在HPV潜伏感染，其中67%的患者表现复发。这表明HPV未被机体彻底清除，残留的尖锐湿疣病变或潜伏HPV感染是尖锐湿疣复发的主要原因。作者认为在尖锐湿疣治疗过程中每一种外用疗法只要仔细操作，尤其是掌握达到彻底去除HPV感染的组织范围和深度则会大大减少尖锐湿疣复发。但在临床治疗过程中并非都能做到这一点，这与操作者技术水平或患者对尖锐湿疣病变了解的程度有密切的关系。
在前面已叙述HPV感染部位主要在表皮，尖锐湿疣自表皮向外生长，故无论是外用药物还是用激光疗法等治疗，其治疗深度应达到表皮基底细胞层上方，治疗范围应超过尖锐湿疣损害边缘1-2mm才能将尖锐湿疣病变组织清除干净。然而，在临床治疗过程中即使是做到这点，仍有少数尖锐湿疣患者治疗后复发。朱文元等研究发现在少数尖锐湿疣患者的真皮内检测到HPV DNA，这一结果表明在尖锐湿疣复发病例中除了皮肤表皮内存在HPV外，真皮内存在HPV是尖锐湿疣复发的另一重要原因。问题是既然HPV是一种嗜表皮的病毒，为什么HPV会存在于真皮中呢?有几种可能的解释：①由于皮肤对HPV感染的炎症反应，导致HPV DNA的释放，如炎症引起基底细胞液化变性可以导致HPV颗粒释放到真皮乳头;②已知艾滋病患者的表皮朗格汉斯细胞、淋巴细胞和单核细胞内可以含有HIV，上述细胞在尖锐湿疣表皮内可能吞噬HPV DNA，它们可以从表皮游走到真皮;③HPV病毒血症导致真皮内含有HPV，但由于用免疫学的方法未能在血清中发现病毒，故此种可能性极小。
既然大多数尖锐湿疣复发的情况都是因为尖锐湿疣治疗不彻底所导致的，由此我们就能够做出判断，预防尖锐湿疣复发的最好方法就是进行彻底的治疗，所以治疗尖锐湿疣一定要选择正规的机构，不要在症状消失之后就中断治疗，一定要彻底根治，并时常进行复查。
